JPM:Bioinformatics development

Creados por Julio Pérez Márquez julio.pmarquez@uah.es

Bioinformática.Programas informáticos de utilidad en laboratorios de investigación

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Cell Target
Programa informático para el análisis morfometríco de células. Contiene cuatro programas y una aplicación de calibración de imágenes de cultivos celulares o tejidos. Ha sido utilizado en el análisis de factores que inducen neuritogénesis y como contador de células apoptóticas en cultivo. Este programa funciona en el entorno Windows y está a su libre disposición (freeware).
Luis Miguel García-Segura and Julio Perez-Marquez. Journal of Neuroscience Methods 226:103-109 (2014).
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SQPrimer (SQPP)
Programa informático para la técnica de la PCR. El software diseña cebadores homólogos y diferenciales en una o en varias secuencias de nucleótidos. La aplicación es de utilidad para diferentes técnicas del análisis genético como son: el clonaje de genes ortólogos en especies, el análisis de polimorfirmos de un único nucleótido (SNPs), polimorfismos de inserción y deleción de bases y mutaciones por extensión de repeticiones de tripletes de nucleótidos asociadas a un grupo de enfermedades genéticas hereditarias. SQPP es una aplicación para el entorno de Windows de libre distribución.
Perez-Marquez J (2014) SQPrimer: The utility of designing homologous primers for the genetic analysis based on the PCR. J Comput Sci Sys Biol 7: 229-234.
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SQRestriction (SQR)
Aplicación que compila varias utilidades del análisis de enzimas de restricción en secuencias de nucleótidos. Los algoritmos en esta aplicación comparan las diferencias y similaridades de los sitios de restricción de genes ortólogos o secuencias de nucleótidos que contienen poplimorfismos de bases únicas, inserciones o deleccionesis y también es útil para encontrar sitios de restricción de vectores para clonar ADN.La ventaja de SQR es que es un set de aplicaciones que pueden analizar una, dos o mulitpes secuencias de nucleótidos. Esta herramienta es útil para laboratorios de biología molecuar y la enseñanza del análisis de restricción. SQR es una aplicación para el entorno de Windows de libre distribución).
Perez-Marquez J (2014) SQRestriction: Bio-informatics Sofware for Restriction Fragment Length Poymorphism of Batches of Sequences J Comput Sci Sys Biol: 186-192.
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2017
SQPTranslation
Aplicación bioinformática para traducir secuencias de ADN o ARN de origen mitocondrial o nuclear. Funciones de búsqueda de marcos de lectura abierto e inicios de traducción alternativos a ATG. Visualización gráfica de posición de marcos de lectura en secuencias.

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		Cell Target Programa informático para el análisis morfometríco de células. Contiene cuatro programas y una aplicación de calibración de imágenes de cultivos celulares o tejidos. Ha sido utilizado en el análisis de factores que inducen neuritogénesis y como contador de células apoptóticas en cultivo. Este programa funciona en el entorno Windows y está a su libre disposición (freeware). Luis Miguel García-Segura and Julio Perez-Marquez. Journal of Neuroscience Methods 226:103-109 (2014). _____________________________________________________________
		SQPrimer (SQPP) Programa informático para la técnica de la PCR. El software diseña cebadores homólogos y diferenciales en una o en varias secuencias de nucleótidos. La aplicación es de utilidad para diferentes técnicas del análisis genético como son: el clonaje de genes ortólogos en especies, el análisis de polimorfirmos de un único nucleótido (SNPs), polimorfismos de inserción y deleción de bases y mutaciones por extensión de repeticiones de tripletes de nucleótidos asociadas a un grupo de enfermedades genéticas hereditarias. SQPP es una aplicación para el entorno de Windows de libre distribución. Perez-Marquez J (2014) SQPrimer: The utility of designing homologous primers for the genetic analysis based on the PCR. J Comput Sci Sys Biol 7: 229-234. _____________________________________________________________
		SQRestriction (SQR) Aplicación que compila varias utilidades del análisis de enzimas de restricción en secuencias de nucleótidos. Los algoritmos en esta aplicación comparan las diferencias y similaridades de los sitios de restricción de genes ortólogos o secuencias de nucleótidos que contienen poplimorfismos de bases únicas, inserciones o deleccionesis y también es útil para encontrar sitios de restricción de vectores para clonar ADN.La ventaja de SQR es que es un set de aplicaciones que pueden analizar una, dos o mulitpes secuencias de nucleótidos. Esta herramienta es útil para laboratorios de biología molecuar y la enseñanza del análisis de restricción. SQR es una aplicación para el entorno de Windows de libre distribución). Perez-Marquez J (2014) SQRestriction: Bio-informatics Sofware for Restriction Fragment Length Poymorphism of Batches of Sequences J Comput Sci Sys Biol: 186-192. ____________________________________________________________________________
		2017 SQPTranslation Aplicación bioinformática para traducir secuencias de ADN o ARN de origen mitocondrial o nuclear. Funciones de búsqueda de marcos de lectura abierto e inicios de traducción alternativos a ATG. Visualización gráfica de posición de marcos de lectura en secuencias.